Uma história que começou na primeira edição de Hellboy conclui com o time do BPDP determinado a eliminar permanentemente uma colônia subterrânea de sapos-monstros. A equipe rastreia o esconderijo de Memnan Saa, mas logo percebem estar com problemas quando velhos inimigos, como o Flama Negra, chegam para devastar o mundo.